Index

A

add_column() (oktoberfest.data.Spectra method) add_intensities() (oktoberfest.data.Spectra method) add_intensities_without_mapping() (oktoberfest.data.Spectra method)

add_list_of_predicted_intensities() (oktoberfest.data.Spectra method) add_matrix_from_hdf5() (oktoberfest.data.Spectra method) add_mzs() (oktoberfest.data.Spectra method) annotate_spectral_library() (in module oktoberfest.pp)

C

ce_calibration() (oktoberfest.pr.Predictor method) convert_d_to_hdf() (in module oktoberfest.pp) convert_raw_to_mzml() (in module oktoberfest.pp)

convert_search() (in module oktoberfest.pp) convert_timstof_metadata() (in module oktoberfest.pp) convert_to_df() (oktoberfest.data.Spectra method)

D

digest() (in module oktoberfest.pp)

F

filter_by_score() (oktoberfest.data.Spectra method) filter_peptides() (in module oktoberfest.pp) filter_peptides_for_model() (in module oktoberfest.pp)

from_config() (oktoberfest.pr.Predictor class method) from_hdf5() (oktoberfest.data.Spectra class method) from_koina() (oktoberfest.pr.Predictor class method)

G

gen_lib() (in module oktoberfest.pp) generate_features() (in module oktoberfest.re)

generate_metadata() (in module oktoberfest.pp) get_matrix() (oktoberfest.data.Spectra method) get_meta_data() (oktoberfest.data.Spectra method)

J

joint_plot() (in module oktoberfest.pl)

K

Koina (class in oktoberfest.pr)

L

list_spectra() (in module oktoberfest.pp)

load_search() (in module oktoberfest.pp) load_spectra() (in module oktoberfest.pp)

M

merge_input() (in module oktoberfest.re) merge_spectra_and_peptides() (in module oktoberfest.pp) module oktoberfest oktoberfest.data oktoberfest.pl oktoberfest.pp oktoberfest.pr oktoberfest.re

O

oktoberfest module oktoberfest.data module oktoberfest.pl module

oktoberfest.pp module oktoberfest.pr module oktoberfest.re module

P

plot_all() (in module oktoberfest.pl) plot_gain_loss() (in module oktoberfest.pl) plot_mean_sa_ce() (in module oktoberfest.pl) plot_mirror_spectrum() (in module oktoberfest.pl) plot_pred_rt_vs_irt() (in module oktoberfest.pl) plot_sa_distribution() (in module oktoberfest.pl) plot_score_distribution() (in module oktoberfest.pl) plot_violin_sa_ce() (in module oktoberfest.pl)

predict() (oktoberfest.pr.Koina method) predict_at_once() (oktoberfest.pr.Predictor method) predict_in_chunks() (oktoberfest.pr.Predictor method) predict_in_chunks_xl() (oktoberfest.pr.Predictor method) predict_intensities() (oktoberfest.pr.Predictor method) predict_rt() (oktoberfest.pr.Predictor method) predict_xl() (oktoberfest.pr.Koina method) Predictor (class in oktoberfest.pr) preprocess_for_machine_learning() (oktoberfest.data.Spectra method)

R

remove_decoys() (oktoberfest.data.Spectra method) remove_duplicates() (oktoberfest.data.Spectra method)

rescore_with_mokapot() (in module oktoberfest.re) rescore_with_percolator() (in module oktoberfest.re)

S

Spectra (class in oktoberfest.data)

split_search() (in module oktoberfest.pp) split_timstof_metadata() (in module oktoberfest.pp)

W

write_as_hdf5() (oktoberfest.data.Spectra method)